Император хорошо понимал значение городов. Однако доходы от епископских городов он был вынужден оставить епископам; от имперских городов его казна тоже не получала большого дохода, поскольку Фридрих II не стал облагать их высокими налогами, чтобы не мешать их развитию.

Император также стремился принять личное участие в колонизации славянских земель к востоку от Эльбы. Он пригласил в Германию Тевтонский орден, магистр которого, Герман фон Зальца, являлся его другом и советником. В 1226 году ордену был предоставлен статус ленника и права имперского князя. По приглашению герцога Мазовии Конрада и миссионера Христиана Оливского, епископа Кульмского, орден направил часть сил для борьбы с язычниками-пруссами под командованием «земельного магистра». Так началось завоевание Пруссии.

В это же время появились новые монашеские ордена — доминиканцы и францисканцы, основанные соответственно испанцем Домиником в 1205 году и итальянцем Франциском Ассизским в 1203 году. В отличие от существующих орденов, они провозгласили своим идеалом абсолютную бедность и потому получили название нищенствующих. Вскоре после своего появления эти ордена широко распространились по территории Германии, и император стремился поставить их на службу собственным интересам. Оба ордена действовали преимущественно в городах. Ученые доминиканцы проповедовали представителям высших слоев, скромные францисканцы были духовниками простого народа. Доминиканцам Григорий IX поручил борьбу против ереси. Фридриху II были ближе францисканцы, генерал которых, Элиас, являлся его доверенным лицом.

Таким образом, император старался поддерживать контакт со всеми течениями в Германии. Однако он мудро отказался от мысли о том, чтобы пытаться усилить позиции королевской власти. Германия была для него важной, но отнюдь не важнейшей частью владений.

Император предоставлял князьям свободу, однако они сами должны были заботиться о защите своих владений. На севере датский король Вальдемар II на основании договора 1214 года взял под контроль практически все балтийское побережье. Однако вскоре датский монарх попал в плен к графу Генриху Шверинскому и был отпущен на свободу только в обмен на большой выкуп и возврат всех территорий к югу от реки Эйдер. Вальдемар, естественно, не сдержал своих клятв, и тогда в 1227 году Генрих с союзниками без всякой помощи со стороны Империи разгромили датчан в сражении при Борнгевде.

В том же году был убит архиепископ Энгельберт, и в Германии вспыхнула кровавая смута. С 1228 года король Генрих взял бразды правления в свои руки. Поскольку находившийся в Италии император постоянно вмешивался в немецкие дела, между отцом и сыном вскоре разразился конфликт. Генрих покровительствовал министериалам и городам, Фридрих II считал именно князей главной опорой своего трона. В 1231 году император издал Вормсскую привилегию, в соответствии с которой светские князья получили в своих владениях те же суверенные права, что и духовные. При этом, однако, право князей издавать законы на своей территории ограничивалось сословными представительствами.

С этого времени Генрих занимал позицию, все более враждебную по отношению к отцу, однако до поры до времени был вынужден покоряться. Но в 1235 году он поднял восстание, и тогда Фридрих II поспешил в Германию. Генрих был взят в плен и потерял права на трон; семь лет спустя он скончался в итальянской темнице.

Император тем временем успешно провел в Майнце рейхстаг, на котором был принят закон о внутреннем мире, серьезно ограничивавший право князей вступать в конфликты друг с другом и передававший высшую судебную власть имперскому надворному судье, который действовал от имени короля. В это же время состоялось примирение Штауфенов и Вельфов; владения Отто Брауншвейг-Люнебургского стали герцогством, а их правитель — ленником императора.

В Италии уже в 1226 году Милан основал Ломбардский союз, чтобы охранять права городов от императорской власти. Справившись с сыном, Фридрих II решил использовать свое прочное положение в Германии, чтобы с помощью сицилийских денег и немецких войск начать борьбу с ломбардскими городами. В 1237 году император одержал убедительную победу у Кортенуовы. Однако этот успех вынудил папу, почувствовавшего угрозу своим светским владениям, поддержать противников Фридриха II. Вскоре император потерпел поражение возле Брешии, и это вдохнуло в ломбардцев новые силы. Григорий IX заключил союзы с Венецией и Генуей и в 1239 году вновь отлучил императора от церкви. В это же время скончался Герман фон Зальца; поскольку францисканцы перешли на сторону курии, Фридрих II мог не обращать внимания на интересы Церкви. Он уже сделал своего незаконнорожденного сына Энцио королем Сардинии, которая являлась папским леном; теперь он захватил Папскую область.

Борьба достигла такого уровня ожесточения, что даже вторжение монголов не смогло побудить стороны примириться. Монголы покорили Россию, вторглись в Польшу и Венгрию и в 1241 году разгромили при Лигнице армию храброго герцога Нижней Силезии Генриха II. И все же Фридрих II продолжил свою войну против папы. Окруженный в Риме, Григорий IX умер от лихорадки. К счастью, монголы получили известие о смерти своего великого хана и отправились в обратный путь; казалось, император сможет одержать победу.

Однако полное поражение папства привело к тому, что многие немецкие епископы перестали поддерживать Фридриха II. Император поспешил в Германию, где уже в 1237 году королем был избран его второй сын Конрад. Фридрих II постарался задобрить епископов новыми привилегиями, после чего отправился обратно в Италию. Здесь папский престол оставался вакантным на протяжении полутора лет. В 1243 году кардиналы наконец избрали новым первосвященником генуэзца Фиески, графа Лаванью, под именем Иннокентия IV. Он был искусным дипломатом, который до своего избрания считался другом императора. Однако в сложившихся условиях папа не мог поддерживать Фридриха II.

Иннокентий IV тайно покинул Италию и организовал церковный собор в Лионе[31], на котором добился смещения императора с престола. После этого часть немецких князей во главе с рейнскими архиепископами избрали в 1146 году новым королем тюрингского ландграфа Генриха Распе. В первую очередь низшее дворянство, с тревогой наблюдавшее за усилением городов, поддержало эту кандидатуру. Имперские и епископские города, напротив, остались верны Фридриху II.

Уже в следующем году Генрих Распе скончался, и на нем пресеклась тюрингская династия. Новым королем избрали Вильгельма Голландского, который даже не являлся немецким князем. Борьба внутри Империи продолжалась. В Италии Фридриху II изменила Парма; болонцы взяли в плен его сына Энцио, которому предстояло провести всю оставшуюся жизнь в темнице; ресурсы императора таяли, а заговоры при дворе хотя и были подавлены с чудовищной жестокостью, однако показали монарху, что он не может доверять даже своему ближайшему окружению.

Однако