Исаака II Ангела. В ответ в Византии вспыхнуло восстание, в ходе которого Исаак и его сын Алексий IV погибли. Тогда крестоносцы вторично взяли город в 1204 году и создали здесь Латинскую империю, правителем которой стал Балдуин. Территория Венеции расширилась за счет западного побережья Балкан, Ионических островов и Крита.
В том же году Оттон IV оказался покинут большинством своих сторонников, включая собственных братьев и архиепископа Кельнского. Филипп смог вторично короноваться в Аахене, и сам Иннокентий III счел за лучшее сблизиться с ним и предоставить Оттона своей судьбе. Именно в этот момент, в 1208 году, Филипп был убит в Бамберге баварским пфальцграфом Отто Виттельсбахом.
Оттона IV князья единогласно избрали во Франкфурте, а папа вновь признал его законным правителем. Он женился на Беатрисе, дочери Филиппа, и стал таким образом наследником Штауфенов в Германии. В 1209 году король отправился в Италию с войском, равного которому здесь не видели со времен Генриха V. Не встретив сопротивления, Оттон IV восстановил на Апеннинском полуострове власть Империи и был коронован в Риме императорской короной.
Этот успех, однако, вскружил императору голову, и он попытался захватить Сицилийское королевство, на которое не имел никаких законных прав. В ответ Иннокентий III отлучил его от Церкви — поступок, который вскоре будет иметь неожиданные для всех сторон последствия. Пока что папа заключил союз с французским королем и смог привлечь на свою сторону большинство немецких князей. Последние решили призвать на престол из Сицилийского королевства молодого Фридриха.
Оттон IV поспешил обратно в Германию. Здесь он попытался в союзе с рыцарями совладать со светскими, а в союзе с городами — с духовными князьями. Именно в этот момент, в 1212 году, Фридрих II появился в Германии. В Риме он принес папе ленную присягу как правитель Неаполя и Сицилии, а затем через враждебную Ломбардию, без войска, добрался до Сен-Галлена. Констанца открыла ему свои ворота.
Поскольку Беатриса умерла вскоре после свадьбы, баварцы и швабы покинули Оттона. Последний вынужден был отступать вниз по Рейну; Фридрих II, мощь которого увеличивалась с каждым днем, следовал за ним по пятам, был избран королем во Франкфурте и коронован в Майнце.
Вскоре победа французов при Бувине полностью уничтожила остатки могущества Оттона IV, союзниками которого являлись англичане. Фридрих II вынужден был заплатить за поддержку курии, издав в 1213 году «Эгерскую золотую буллу». В ней он отказывался от королевских прав на инвеституру, закрепленных Вормсским конкордатом, и признавал Сицилию папским леном. Уступив датчанам все территории Империи по ту сторону Эльбы, Фридрих купил также поддержку датского короля против Вельфов. В итоге оплачивать его победу пришлось Германии. Кроме того, новый король вынужден был продолжить практику раздачи имперских земель князьям. В 1215 году он был вторично коронован в Аахене. Оттон IV скончался в Гарцбурге тремя годами позже.
В 1215 году состоялся церковный собор в Риме, на котором присутствовало около 500 архиепископов и епископов, более 800 аббатов и приоров, патриархи Константинопольский и Иерусалимский, а также посланники самых могущественных христианских монархов. Этот собор продемонстрировал, что именно папа является неоспоримым лидером западного христианского мира. Ключевой целью мероприятия являлось укрепление основ веры против появившихся повсюду ересей. Помимо согласования мер по борьбе с последними, собор постановил начать в 1217 году крестовый поход.
Фридрих II обязался принять участие в походе еще в Аахене. Но Иннокентий III вскоре скончался, а новый папа Гонорий III (12161227), добродушный старик, как дипломат не мог сравниться с королем. Обещаниями принять участие в крестовом походе Фридрих II добивался от первосвященника все новых уступок и в то же время раз за разом откладывал начало кампании. Иннокентий III придавал большое значение тому, чтобы не допустить объединения Империи и Сицилийского королевства. Гонорий III не только позволил Фридриху добиться избрания своего сына Генриха — наследника Сицилии — немецким королем. Папа возложил на голову самого Фридриха II в 1220 году императорскую корону, не настаивая на отделении Сицилийского королевства от Империи.
Если раньше император объяснял промедление с отъездом в Святую землю своими проблемами в Германии, то теперь он попросил новую отсрочку, чтобы навести порядок на Сицилии. Тем временем папский легат в 1217 году повел крестоносное войско против египетского султана Аль-Камиля, захватил в 1219 году Дамиетту, но в дальнейшем допустил грубые ошибки и вынужден был заключить перемирие на 8 лет и вернуть только что захваченный город.
Год за годом император кормил папу обещаниями. В 1225 году он торжественно обещал отправиться в поход через два года; в случае нарушения ему грозило отлучение. В этот раз Фридрих II действительно всерьез попытался выполнить свои обязательства. Однако в рядах собравшегося в Бриндизи крестоносного войска разразилась эпидемия. Тем не менее, Фридрих II вместе с тюрингским ландграфом Людвигом IV все-таки вышел в море, где их настигла болезнь, и они оказались вынуждены вернуться в порт. Ландграф скончался, а император перенес свой отъезд на следующее лето.
Тем временем мягкого Гонория III на папском престоле сменил Григорий IX (1227–1241), который не принимал никаких оправданий, а сразу отлучил императора от Церкви. Однако в 1228 году Фридрих II действительно отправился в Пятый крестовый поход, невзирая на фактически прямой запрет со стороны первосвященника. Благодаря искусным переговорам он смог достичь большего, чем добились предшественники своей храбростью. Аль-Камиль уступил ему Святые места вместе с участком побережья от Яффы до Сидона, и в 1229 году Фридрих II смог короноваться в Иерусалиме. В июне того же года он вернулся в Бриндизи. Узнав о его приближении, наемная армия, при помощи которой папа начал войну против Сицилийского королевства, попросту разбежалась. В конце концов Григорий IX вынужден был в 1230 году заключить с императором мир в Сан-Джермано, по условиям которого он снимал отлучение и признавал достигнутые Фридрихом II успехи.
При поверхностном взгляде может показаться, что императорская власть восстановилась в том же объеме, которого достигла к 1197 году. Однако в Германии в результате многочисленных земельных пожалований она лишилась надежного фундамента в виде императорских замков и министериалов. Центром тяжести в государстве Фридриха II являлось Сицилийское королевство, которое его правитель превратил в хорошо организованную бюрократическую систему.
В Германии епископские города стремились добиться большей самостоятельности от духовных князей, а светские князья и министериалы — от королевской власти. Фридрих II сперва попытался теснее привязать к себе немецких епископов, сделав им новые уступки. В 1213 году он отказался от остатков своего права инвеституры, а в 1220 пожаловал духовным князьям Франкфуртскую привилегию, полностью освобождавшую епископскую администрацию от
