Роберт Кочарян вспоминает: «Подписание Бишкекского соглашения оказалось очень своевременным и для нас, и для азербайджанцев. Обе стороны были истощены длительными непрекращающимися боями. Мы поставленную перед собой задачу выполнили: вышли на ту линию соприкосновения, которую планировали. Провал же зимнего наступления Азербайджана и реальная угроза потери Тертера (Мирбашира) сделали Баку гораздо более сговорчивым. Если бы мы заняли Тертер, открылась бы возможность наступления на Евлах с двух направлений, с последующим выходом на Куру, и тогда мы могли отрезать северо-западную часть Азербайджана от остальной территории. В Азербайджане опасались, что мы пойдём дальше, а мы понимали, что любой наш выход дальше, во-первых, потребует новых ресурсов, которыми мы не располагали, а во-вторых, растянет линию фронта на восток, создав нам проблему её удержания в будущем. Таким образом, каждая из сторон имела веские причины согласиться на долгосрочное прекращение огня»891.
Из интервью председателя Верховного Совета Азербайджана Расула Гулиева: «29 апреля я вернулся в Азербайджан. Армянами уже были захвачены 18 сёл Агдамского, ряд сёл Агдеринского районов. Я немедленно выехал в зону боевых действий. 1 мая в Бардинском районе я провёл большое совещание с военными. Как выяснилось, создалась очень опасная, трагическая ситуация, Бардинская дорога, можно сказать, была открыта врагу. Всю ночь мы принимали срочные меры, были вынуждены доставить сюда дополнительные силы. На следующий день я выехал на боевые позиции. Армяне уже начали атаковать, но благодаря принятым мерам наступление удалось остановить»892. В заявлении группы депутатов парламента Азербайджана от 19 мая 1994 г. говорилось: «Бишкекский протокол в нынешних условиях является одним из этапов отражения военно-политических реалий, прекращения тяжёлой, изнурительной войны, достижения мира»893.
Сразу же после подписания Бишкекского протокола оппозиция обвинила спикера парламента Р. Гулиева в предательстве. 14 мая он выступил с разъяснениями по национальному телевидению. Гулиев обвинил оппозиционные силы в том, что они не заинтересованы в прекращении войны, и, называя этот документ рекомендательного характера национальным предательством, пытаются сбить народ с толку, и, утверждая, что «Азербайджан продан», «Нагорный Карабах признан как республика», стремятся на волне обмана прийти к власти. Касаясь внешнеполитического аспекта Карабахской войны, он заявил: «Мы должны осознать, что Азербайджан одинок в этой войне. Ему никто не помогает». По поводу предложений продолжить войну он сказал: «В начале нашей беседы я сказал, что с 1988 года происходит постепенная оккупация азербайджанских земель. Что же нам теперь делать? Продолжать отдавать азербайджанские земли? Разве процессы, происходящие в мире, не доказывают, что этот вопрос надо решить мирным путём, как можно быстрее? В результате неправильной политики в Азербайджане ныне 1100000 беженцев, недавно к ним прибавилось ещё 40000. Теперь что же ждать, чтобы их число увеличилось ещё на миллион? Может, вообще покинуть азербайджанские земли и, разбредясь по России, Турции, Ирану, взывать оттуда: «Азербайджан, Азербайджан…»? Говорят: «Давайте все как один умрём». Что за популистские высказывания? Во-первых, интересно, кто эти люди, собирающиеся умереть все как один? Допустим, все и хотят умереть как один, умереть достойно. Но что это даст Азербайджану? Армянам только это и нужно». Обращаясь к оппозиции, он предложил ей выдвинуть собственный план карабахского урегулирования, а не подрывать наметившуюся консолидацию общества вокруг Гейдара Алиева894.
Доводы Р. Гулиева не убедили многих депутатов. Более того, в ходе обсуждения этого вопроса группа из 15 парламентариев выступила с заявлением о том, что Р. Гулиев, подписывая Бишкекский протокол, являющийся «политическим актом, направленным против независимости и территориальной целостности республики», якобы превысил свои полномочия. В знак протеста указанная группа покинула зал заседаний. На следующий день после выступления Гулиева в парламенте 23 оппозиционные партии объявили о создании Движения национального сопротивления, главной целью которого, как было заявлено, будет противодействие размещению в зоне конфликта российского воинского контингента. В обращениях к народу команда Г. Алиева обвинялась в «капитулянтской политике в угоду интересам имперских сил в России».
Против подписания Бишкекского протокола открыто выступил и заместитель министра внутренних дел, командир Отряда полиции особого назначения (ОПОН) – Р. Джавадов. Он заявил, что не допустит, чтобы в документе фиксировалась даже косвенная возможность ввода на территорию Азербайджана российских войск, а если российские войска всё же появятся, он и его люди окажут им вооружённое сопротивление. По сути дела, высокопоставленный чиновник публично выступил против политической линии Г. Алиева, и он был не одинок.
Неадекватная реакция политической элиты страны на Бишкекский протокол чётко продемонстрировала ограниченность манёвра азербайджанской дипломатии, оказавшейся заложником не затухавшей внутриполитической борьбы и тяжёлого социально-экономического положения. Без стабилизации ситуации внутри страны, без консолидации общества вести переговоры по такому болезненному вопросу, как карабахское урегулирование, оказалось невозможным.
Надо отметить, что в Азербайджане было немало и тех, кто поддержал подписание Бишкекского протокола. В заявлении группы депутатов парламента Азербайджана от 19 мая 1994 г. говорилось: «Бишкекский протокол в нынешних условиях является одним из этапов отражения военно-политических реалий, прекращения тяжёлой, изнурительной войны, достижения мира… Нынешнее руководство Азербайджана считает важным положить конец страданиям и лишениям народа, направить внимание на внутренние проблемы страны и экономическую жизнь, для чего необходимы процессы мира; и, в отличие от политиканов, выдающих себя за освободителей нации, находит в себе силы и мужество сделать необходимые шаги на пути к стабилизации. И какими бы непопулярными сегодня ни выглядели эти шаги, они делаются во имя будущего нашей нации и Родины»895. Среди 27 депутатов, подписавших это обращение, были Сурет Гусейнов, Ариф Рагимзаде, Рамиз Фаталиев.
С заявлением в поддержку Бишкекского протокола выступила группа творческой и научной интеллигенции. В нём, в частности, говорилось: «Военное противостояние, длящееся много лет, унесло тысячи жизней, оставило без крова миллионы людей, нанесло экономике республики страшный урон и привело к катастрофическому падению уровня жизни. Реальная ситуация, зависящая от многих факторов, выходящих за пределы интересов воюющих сторон, сложилась так, что продолжение войны может привести е ещё более тяжёлым последствиям. Время выявило бесперспективность попыток решения конфликта силовым путём»896. Данное заявление подписали: сценарист Рустам Ибрагимбеков, писатель Максуд Ибрагимбеков, режиссёры Эльдар Кулиев и Расим Оджагов, профессор Фарман Салманов и многие другие видные представители интеллигенции.
В своём выступлении 21 мая 1994 г. Гейдар Алиев сказал: «Но мы хорошо понимаем, что, если война продолжится, она приведёт к новым большим трагедиям. Поэтому мы хотим положить ей конец, мы стремимся решить проблему мирным путём.
5 мая в Бишкеке состоялось заседание Межпарламентской ассамблеи СНГ, где был обсуждён вопрос о Нагорном Карабахе. Во встрече участвовала азербайджанская делегация, возглавляемая Афияддином Джалиловым. Дав ему
