Азербайджанские войска заняли оборону по линии Ахмедагалы – Мирашелли – Орта Карвенд – Тазакенд – Кайнаг – Казйан. Основной задачей стало удержать линию Мирашелли – Тазакенд, чтобы не дать армянским войскам продвинуться вдоль дороги Агдам – Барда и выйти к перекрёстку «Четыре дороги». С этой целью из имевшихся в наличии сил 190-й бригады и подошедших резервов была сформирована ударная группа, и 2 мая 1994 г. был нанесён встречный контрудар по наступающим армянским войскам. В результате контрудара удалось задержать наступление армянских войск и освободить сёла Шыхлар, Намирли и Шураабад. За эти сёла несколько дней шли бои, после чего 7 мая 1994 г. эти сёла вновь перешли под контроль армянских войск. Азербайджанские войска заняли оборону около этих сёл. Надо отметить, что, хотя контрудар азербайджанских войск не изменил коренным образом обстановку на фронте и не восстановил утраченное оперативное положение, он позволил сковать силы противника и остановить его дальнейшее продвижение до подтягивания необходимых резервов и закрытия брешей в обороне, образовавшихся после прорыва армянских войск по линии Гюллюджа – Баш Карвенд.

Одновременно развернулись ожесточённые бои на юге Тертерского района. Основной удар армянских сил наносился на село Капанлы с целью захвата села и обхода Тертера с юга. Им удалось захватить сёла Кармираван и Сейсулан, после чего начались ожесточённые бои за село Капанлы. Оборону на этом направлении держали бойцы 776-го отдельного разведывательного отряда, 777-го МСП и 703-й МСБ. 2–5 мая 1994 г. за село Капанлы шли ожесточённые бои, противнику даже удалось ворваться в село. Однако контрударом азербайджанские войска (777-й МСП, 776-й отдельный разведывательный отряд и подразделения 703-й МСБР) выбили армян из села. Попытки армянских войск расширить прорыв в южном направлении не удались, их атаки на сёла Ахмедагалы и Мирашелли были отбиты. 2 мая 1994 г. армянские войска из дальнобойной артиллерии обстреляли город Барду.

4–5 мая 1994 г. в Бишкеке прошли переговоры между Азербайджаном и Арменией. По итогам переговоров было подготовлено соглашение о перемирии, получившее название Бишкекский протокол. Данный протокол был подписан председателем парламента Армении Б. Аракцяном и «и. о. председателя Верховного Совета НКР» К. Бабуряном. Но азербайджанская делегация отказалась подписать данное соглашение и вернулась в Баку.

5–6 мая 1994 г. Расул Гулиев посетил тертер-агдамский участок фронта. В ночь с 6 на 7 мая он провёл совещание в г. Барде с участием азербайджанского командования и глав исполнительной власти прифронтовых районов, на котором также обсуждалась тактика дальнейших действий. В ходе совещания произошла резкая перепалка между некоторыми участниками, но после долгой дискуссии большинство участников совещания также высказались в пользу прекращения огня.

7 мая 1994 г. спецпредставитель президента РФ по Карабаху В. Казимиров прибыл в Баку, где продолжил переговоры о подписании данного соглашения. 8 мая 1994 г. в Баку председатель Верховного Совета Расул Гулиев подписал Бишкекский протокол о прекращении боевых действий. Как вспоминал Расул Гулиев, он только что вернулся с передовой в Тертере, где лично убедился в том, что азербайджанские позиции находятся в критическом положении. Это убедило его в том, что Азербайджану необходимо прекращение огня889. Также перед подписанием Бишкекского протокола 5–7 мая 1994 г. Гейдар Алиев выехал с визитом в Брюссель и Анкару, где провёл многочисленные переговоры с западными и турецкими политиками. Видимо, поняв, что Азербайджану не придётся рассчитывать на поддержку западных стран и Турции в случае продолжения войны, он принял решение о подписании соглашения о прекращении боевых действий.

Средства массовой информации указывали, что решение о подписании Бишкекского протокола было принято «после подведения итогов вояжа президента в Европу», поскольку стало ясно, что западные страны и Турция не склонны к сколько-нибудь серьёзной военной поддержке Азербайджана. Между тем на фронтах складывалось тяжёлое положение: Вооружённые силы Азербайджана с трудом сдерживали наступление армянских войск на северном направлении. Было необходимо остановить военные действия (даже большой ценой), не сопровождая это, как ранее, требованиями о немедленном освобождении захваченных территорий. Это и произошло 12 мая.

Эльмира Ахундова в биографии Г. Алиева так описывает события того времени: «По всей видимости, озабоченный ухудшением ситуации на фронте и не уверенный в том, что Вооружённые силы Азербайджана смогут отразить натиск противника, Гейдар Алиев принял решение пойти на длительное перемирие с армянами без предварительных условий. Важная деталь: незадолго до подписания мирного соглашения Гейдар Алиев побывал в Брюсселе, штаб-квартире НАТО, а также в Анкаре. По всей видимости, помимо присоединения к программе «Партнёрство во имя мира», Гейдара Алиева интересовал и ещё один вопрос: помогут ли ему влиятельные международные организации в отражении армянской агрессии? Этот же вопрос он, очевидно, задавал и турецкому руководству. И, по всей видимости, ответ его не удовлетворил»890.

После подписания Бишкекского протокола было подготовлено соглашение о прекращении боевых действий с 00 часов 01 минуты 12 мая 1994 г. 9 мая 1994 г. его первым подписал министр обороны Азербайджана Мамедрафи Мамедов. 10 мая 1994 г. подписал министр обороны Армении Серж Саркисян. 11 мая 1994 г. подписал командующий армянскими войсками в Нагорном Карабахе Самвел Бабаян.

На линии фронта основные бои шли на тертер-агдамском участке фронта. 11 мая армянские войска смогли вторгнуться в н/п Капаны и Сейсулан Тертерского района. К исходу дня после кровопролитных боёв подразделениям Азербайджанской армии удалось выбить противника из села Капанлы. 12 мая с самого утра бои на этом направлении продолжились. К 12:00 Азербайджанским войскам удалось оттеснить противника к селу Сейсулан. Это были последние бои Карабахской войны.

В ходе тяжёлых боёв армянские войска понесли большие потери, их наступательная группировка потеряла свою пробивную силу и не могла дальше наступать. Азербайджанские войска также понесли тяжёлые потери и не были в состоянии вести активные боевые действия. Таким образом, на фронте сложилась ситуация равновесия, когда обе стороны могли удерживать имевшиеся позиции, но у них не было сил для захвата удерживаемых противником позиций. Последним боем Карабахской войны стала атака армянских войск на село Ахмедагалы Агдамского района 8 мая 1994 г., которая была отбита. Фронт стабилизировался по линии Муровдагский хребет – севернее сёл Гюлистан и Талыш, по линии сёл Ленинаван – Капанлы, восточнее сёл Сейсулан – Намирли – Шураабад, по линии сёл Тазакенд – Орта Карвенд – Мирашелли – Ахмедагалы – Чеменли – Афатли, восточнее