Одновременно в конце XV века на юге политические изгнанники из семьи Абулхаира получили свой шанс в Средней Азии в связи с произошедшим здесь ослаблением государства Тимуридов. Происходившая среди наследников Тимура междоусобная борьба создала условия для постепенного проникновения Шибанидов на территорию Средней Азии. Например, Мухаммед-Шейбани в 1470–1480-е годы активно оперировал в приграничье Средней Азии со степью Дешт-и-Кипчак. При этом он пользовался поддержкой Тимуридов, которые намеревались с его помощью защитить внутренние районы от нападений северных кочевников. Другие члены семьи Абулхаира также находились на службе у Тимуридов.

Так, примерно в 1495–1496 годах в армии тимурида Султана Махмуда Мирзы служили Шибаниды из Дешт-и-Кипчака Хамза-султан и Махди-султан «вместе со всеми узбеками»[751]. Длительная война на территории Средней Азии требовала всё новых войск, естественно, что воинские формирования из числа северных кочевников пользовались здесь большим спросом. Тем более что проигрыш Шибанидов в конкурентной борьбе в Степи не оставлял им другого выбора кроме как служить в армиях различных Тимуридов. При этом их сложные отношения с потомками Урус-хана давали им некоторую гарантию, что они будут сохранять лояльность при отражении нападений с севера. В конечном итоге это мнение оказалось ошибочным.

Кризис в Средней Азии

После своего прихода к власти в 1452 году Абу-Саид начал вести борьбу со своими западными родственниками за объединение всех владений Тимуридов. В 1459 году он занял Герат и перенёс в этот город столицу своего государства из Самарканда[752]. Именно в этот период повышается активность моголов. Они во главе с ханом Есен-Букой начинают наносить удары по владениям Тимуридов с востока. В этот период им удаётся захватить Кашгар, перешедший к Тимуридам при Улугбеке. Кроме того, моголы атакуют не только Фергану, они наступают также с северо-восточного направления через Тараз на среднеазиатские владения Тимуридов.

Предпринятая Абу-Саидом попытка взять под контроль политику моголов с помощью выдвижения нового хана, на его роль он предлагал брата Есен-Буки Юнус-хана, оказалась неудачной. Юнус-хан, который был привезён Абу-Саидом из Ирака, где он 18 лет находился в изгнании, вынужден был отступить. Затем он получает от Абу-Саида «в кормление» владение в Йеттиканде, предместье Андижана в Ферганской долине[753]. Оно расположено в непосредственной близости от занятого моголами Кашгара, что позволяло Юнус-хану на стратегически выгодной позиции дожидаться развития событий в Моголистане. После смерти Есен-Буки, а затем и его сына Дуст-Мухаммада, Юнус-хан примерно в 1469 году становится следующим ханом моголов. Однако ему не удалось справиться с элитой могольского племени дуглат. Последнее традиционно со времён эмира Пуладчи контролировало Кашгар и большую часть оазисов Восточного Туркестана. При Есен-Буке дуглаты пошли на соглашение с ханской властью, но после его смерти снова стали стремиться к самостоятельности.

В результате влияние Юнус-хана распространялось главным образом на Семиречье. Здесь в 1472 году он потерпел поражение от калмыков Амасанджи-тайши на берегах реки Или и вместе со всем могольским улусом направился в район Ташкента[754]. После ухода калмыков из Семиречья Юнус-хан возвращается обратно и вмешивается в борьбу между эмирами дуглатов в Восточном Туркестане. Он выступает на стороне Мухаммед Хайдара мирзы, деда известного историка Мухаммеда Хайдара Дулати, против его племянника Абу-Бакра. В 1480–1481 годах Юнус-хан и его союзник проиграли войну в Восточном Туркестане, который в итоге перешёл под контроль Абу-Бакра. При Абу-Бакре, правившем большей частью Восточного Туркестана вплоть до 1514 года, данный регион перестал быть местом столкновения интересов моголов и Тимуридов, как это было при Есен-Буке. Для дуглата Абу-Бакра доходы от торговли по Великому Шёлковому пути, который проходил через перевал из Кашгара в Фергану, похоже, были более приоритетной задачей.

В свою очередь, Юнус-хан оказался в трудном положением. Потеря большей части оазисов Восточного Туркестана привела к тому, что его государство осталось без крупных оседлых центров. Они были необходимы для того, чтобы обеспечить общегосударственные потребности моголов, что было важно для государств монгольского типа. В этой ситуации лояльные Юнус-хану моголы, которые теперь в основном базировались в Семиречье, переносят центр своей активности на Среднюю Азию, где как раз начали происходить междоусобные войны между Тимуридами.

В 1469 году умер Абу-Саид, последний потомок Тимура, претендовавший на власть на всей территории созданного им государства. В результате власть была разделена между разными Тимуридами. Так, Султан Хусайну Мирзе достались Герат и Хорасан, Султан Ахмаду Мирзе — Самарканд, Мирзе Султан Махмуду — Хисар, Кундуз и Бадахшан, Мирзе Омар Шайху — Фергана и Андижан[755]. Первый из указанных Тимуридов был потомком сына Тимура Омар-шейха, остальные являлись сыновьями Абу-Саида и потомками другого сына Тимура Миран-шаха.

В это же время Тимуриды теряют Западный Иран, где утверждается туркменская династия Ак-Коюнлу. Однако под их контролем всё ещё остаются внушительные территории Средней Азии, Северного и Центрального Афганистана и Восточного Ирана. Соответственно, они продолжают контролировать значительную часть Великого Шёлкового пути. В конце XV века основная торговля между Азией и Европой всё также проходила по сухопутному пути через всю Евразию. Часть этого пути от Ферганы до Герата находилась на территории тимуридских государств. Поэтому находившиеся в распоряжении Тимуридов доходы от посреднической торговли по Шёлковому пути были весьма значительны. Эпоха великих географических открытий, которая в результате кардинально изменила маршруты прохождения главных торговых путей, только начиналась.

Меж тем снижение уровня централизации власти у Тимуридов вело к ослаблению государства, что создавало условия для конкурентов, претендовавших на их наследство. В 1480-х годах на северных границах владений Тимуридов было сразу несколько крупных военно-политических объединений, которые могли угрожать их интересам. С одной стороны, это были моголы во главе с Юнус-ханом. С другой — казахи во главе с потомками Урус-хана. К тому же в ходе междоусобной борьбы Тимуриды сами активно обращались к ним за поддержкой. Так, в 1482 году правитель Ферганы тимурид Мирза Омар Шайх, отец Бабура, в благодарность за помощь в войне против правителя Самарканда, его брата Султан Ахмад Мирзы, передал Юнус-хану во владение города Ташкент и Сайрам[756]. По мнению Мухаммеда Хайдара Дулати, это произошло в 1485 году[757]. Данное событие способствовало изменению ситуации. Тимуриды продемонстрировали слабость перед своими северными соседями. Одним из следствий произошедшего стало выступление против Тимуридов ранее лояльного им Мухаммеда-Шейбани. Так, в 1488 году во время похода самаркандского