18 июня Г. Алиев провёл телефонные переговоры с С. Гусейновым и попросил его отложить вход его сил в Баку. На заседании Милли Меджлиса 21 июня было принято обращение к С. Гусейнову. В обращении его призывали проявлять спокойствие, и выражалась уверенность, что он направит все свои силы на борьбу с внешним врагом.
Г. Алиев неоднократно уговаривал А. Эльчибея вернуться в Баку, к нему в с. Келеки отправляли несколько делегаций представителей общественности и интеллигенции, которые также уговаривали его вернуться в Баку, но Верховный главнокомандующий Вооружёнными силами Азербайджана наотрез отказался возвращаться в Баку. Вместо этого он подписал указ о временной передаче исполнения своих полномочий председателю Верховного Совета Г. Алиеву.
22 июня было распространено заявление С. Гусейнова, в котором выражалось беспокойство по поводу того, что Народный фронт Азербайджана увеличивает численность своих незаконных вооружённых формирований, организует террористические группы, создаёт панику среди населения, подготавливая тем самым почву для гражданской войны. «Лица, занявшие преступную позицию по отношению к народному движению за свободу, спровоцировали гянджскую трагедию 4 июня. Государственные деятели, скрывающие правду о событиях и проявляющие безучастность к судьбе Кельбаджарского района, обагрили свои руки братской кровью. Неоспоримые факты, весомые доказательства и документы доказывают, что президент и другие официальные лица, пытаясь избежать справедливого наказания, чинят новые преступления». В заявлении указывалось, что, выдвигая «перед руководством республики серьёзные требования, среди которых отставка президента», верные С. Гусейнову вооружённые формирования защищают «стремление народа, проявляемое на непрекращающихся митингах и собраниях в Гянджском регионе». Далее в документе говорилось: «Предотвращая возможные провокации в городах и районах республики и учитывая требования местного населения, вооружённые формирования, находящиеся в моём распоряжении, были вынуждены двинуться в сторону Баку. Однако преступное руководство республики и Народного фронта спровоцировали вооружённый инцидент и столкновения в некоторых городах республики. Самое страшное то, что при этом возникла серьёзная опасность захвата армянами новых азербайджанских территорий, поскольку силы, поддерживающие правительство, были укомплектованы людьми и техникой, выведенной из районов армяно-азербайджанского противостояния. Прямым результатом этого явилось последнее наступление армянских сил, которое было приостановлено моими подразделениями. Как и раньше, азербайджанское телевидение распространило об этих событиях необъективную информацию. Одним из факторов, влияющих на обострение общественно-политической, военной, социальной ситуации, является активизация деятельности определённых политических сил в борьбе за власть. Пик напряжённости обстановки обусловлен ещё и тем, что президент республики, являющийся Верховным главнокомандующим Вооружёнными силами Азербайджана, проявляет безучастность к судьбе народа и исчез при странных обстоятельствах, создав брешь в структурах власти. Нынешние условия не позволяют председателю ВС республики взять на себя все полномочия. Поэтому, осознавая историческую ответственность этого шага, я стою перед необходимостью взятия на себя всех полномочий и ответственности»803.
23 июня США и Турции выступили с заявлением о поддержке президента Эльчибея.
С учётом отказа президента и Верховного главнокомандующего возвращаться в Баку, 24 июня Милли Меджлис принял решение о передаче исполнения полномочий президента Г. Алиеву.
В этот же день в Гяндже при невыясненных обстоятельствах были убиты близкие к С. Гусейнову люди: назначенные им глава города Вагиф Велиев (известный как Дашкендли Вагиф), его заместитель Руслан Рзаев (также известный как Зобик) и Эльдар Велиев. Причины и обстоятельства произошедшего так и остались неустановленными.
25 июня 1993 года Сурет Гусейнов отозвал свои силы от Баку.
19 июня А. Гумбатов прибыл в Гянджу и всю ночь с 19 на 20 июня вёл переговоры с С. Гусейновым. Как вспоминает А. Гумбатов, он уговаривал С. Гусейнова не соглашаться на должность премьер-министра, остаться в Гяндже, чтобы они, объединив усилия (С. Гусейнов из Гянджи, а А. Гумбатов из Ленкорани), добились созыва сессии Верховного Совета и не допустили Г. Алиева до власти. С. Гусейнов согласился с А. Гумбатовым и обещал ему, что никогда не согласится стать премьер-министром804.
21 июня А. Гумбатов и ряд офицеров 704-й бригады приняли решение о провозглашении Талыш-Муганской Автономной Республики.
27–29 июня в Баку прошли переговоры между С. Гусейновым и Г. Алиевым.
30 июня С. Гусейнов был назначен премьер-министром.
Правительство тандема НФА – «Мусават» крах операции против 709-й бригады объясняет тем, что якобы 709-я бригада получила от 104-й ВДД при выводе большое количество военной техники и вооружения, а также тем, что на стороне 709-й бригады воевали российские военные. Но хоть НФА и не хочет признавать этого, но истинная причина была в том, что власть потеряла поддержку народа. Между властью НФА и народом образовался разлом. Поэтому вооружённые силы отказались выполнять приказы власти и защищать её. Только убедившись, что нет поддержки ни от народа, ни от армии, тандем НФА – «Мусават» был вынужден отойти от власти.
1 июля 1993 г. приказом и. о. министра обороны Азербайджана в/ч 709 была восстановлена как войсковая единица Вооружённых сил Азербайджана.
В постановлении Милли Меджлиса Азербайджана от 16 июля 1993 г. № 648 дана следующая оценка событий 4 июня 1993 г. в Гяндже: «Случившиеся в Гяндже 4 июня 1993 г. кровавые события являются результатом специально разработанной и спланированной политики президента Азербайджанской Республики Абульфаза Эльчибея и других высокопоставленных должностных лиц, грубым нарушением Конституции и законов Азербайджанской Республики со стороны этих лиц». Этим же постановлением ответственность за эти события была возложена на президента Абульфаза Эльчибея и тогдашнее руководство страны805.
Решением Милли Меджлиса от 29 июля на 29 августа был назначен референдум о доверии президенту А. Эльчибею.
После передачи исполнения полномочий президента Г. Алиеву и назначения С. Гусейнова премьер-министром внутриполитическая ситуация в стране начала немного стабилизироваться.
Однако до полной стабилизации внутриполитической обстановки в Азербайджане было ещё далеко. Новым очагом напряжённости стала Ленкорань, где с 15 июня власть была в руках А. Гумбатова, а 21 июня была провозглашена Талыш-Муганская Автономная Республика.
Противостояние в Ленкорани продолжалось до конца августа 1993 года, пока в Ленкорани не была восстановлена законная власть, отряды А. Гумбатова разоружены, а сам А. Гумбатов сбежал. При этом начались противоречия между и. о. президента Г. Алиевым и премьер-министром С. Гусейновым.
Так, Г. Алиев несколько раз указывал на связь С. Гусейнова с А. Гумбатовым и Р. Газиевым: «В разговорах с некоторыми должностными лицами, в том числе и с Суретом Гусейновым, можно услышать, что в таком-то месте бьётся бригада
