Докладывая об успехе политики национального примирения, М.К. Аммосов 24 сентября телеграфировал в ЦК РКП(б) о добровольной сдаче отряда из 160 повстанцев и планируемом сложении оружия тремя отрядами по 30–40 бойцов каждый в центральной Якутии и отряда в Верхоянске – 25 человек. К.К. Байкалов косвенно подтвердил эти данные начальнику штаба V армии В.В. Любимову о том, что в Намском улусе сдался последний повстанческий отряд. Всего оружие сложили 1000 повстанцев Якутского округа и 300 Вилюйского, получили амнистию и вернулись к мирной жизни. 1 октября 1922 года, опираясь на отчёты военного командования, партийная организация Якутии и Ревком бодро отрапортовали в Сиббюро, что «можно было в основном считать повстанческое движение ликвидированным».

Одновременно с амнистией белоповстанцев был спущен «на тормозах» вопрос «о товарищах, повинных в красном бандитизме», который в марте был отложен. В последующие месяцы произошла чистка советских учреждений от уголовного элемента, но как указано выше, вопрос о них в свое время был отложен. Учреждения были постепенно очищены от уголовного элемента, но оставался «ряд честных и преданных товарищей, которые являлись «стрелочниками» Лебедевской и Агеевской политики». В связи с этим на Губбюро было решено: «никакого судебного преследования против них за их прежнюю деятельность не возбуждать».

В местности Ючюгэй Мурэн к основным силам ЯНА присоединился отряд подполковника Овечкина. Коробейников и его штаб собрали бойцов ЯНА митинг, на котором рассказал о перспективах восстания. Они сообщили о том, что подкрепления задерживаются, а склады с запасами в Нелькане сожжены, и по этим причинам предложил всем желающим разойтись по домам. Возвратившись, они должны были следить за красными войсками и наносить советской власти ущерб, не подвергаясь риску. Уходящим был предложен выбор: они могли оставить оружие в отряде или спрятать его до осени, когда прибудут подкрепления из Владивостока. С их появлением Коробейников планировал возобновить борьбу в следующем году, вновь созвать добровольцев и на этот раз взять Якутск. Предложением разойтись воспользовалась почти половина якутов. Спрятав излишки оружия и боеприпасов, Коробейников увёл остатки ЯНА в Нелькан. Теперь она насчитывала всего пару сотен бойцов, не веривших в фальшивую автономию и амнистию, направились в Нелькан.

16 августа батальон Дмитриева был погружен на пароходы «Революционный», «Республиканец» и «Соболь» и баржи «Селенга» и «Елена», которые двинулись вверх по Алдану и Майе. Через десять дней отряд И. Карпеля высадился Кубалахе, где расположилось около сотни повстанцев. Они не ожидали нападения красных и даже не имели охранения. Несмотря на тактическую внезапность, несколько групп красноармейцев заблудились и не участвовали в общей атаке. Вследствие этой оплошности Карпеля и Дмитриева повстанцам удалось отступить, забрав с собой три десятка своих лошадей.

Пленные повстанцы сообщили, что штаб ЯНА разместился в Аяне, где ожидает прибытие подкреплений из Владивостока. Для их нужд в улусе побывали представители Коробейникова Попов и М. Горохов, которые мобилизовали до сотни лошадей. Красные также узнали, что Коробейников распустил полторы сотни своих бойцов, желавших разойтись по домам. Их оружие он забрал с собой в Аян, планируя его раздать новоприбывшим. Неожиданные новости сильно озадачили И. Карпеля, и он решил остановить движение и выслать разведку в сторону побережья. Из-за обмеления Майи пароходы «Соболь» и «Республиканец» с баржами «Селенга» и «Лена». Они бросили якорь в устье Юдомы, где их команды приступили к поиску, спрятанных повстанцами ценностей. Вооружённый пароход «Революционный» направился к месту гибели «Работника», чтобы снять с него пушки и подготовить его к зимовке, поскольку транспортировка в Киренск была признана нецелесообразной.

5 сентября в Аянской бухте появились корабли под Андреевским флагом, на которых прибыла Сибирская дружина генерал-лейтенанта Пепеляева. Поздно вечером следующего дня на борт военного транспорта «Защитника» поднялись Коробейников

и Занфиров и доложили оперативную обстановку. Отряд полковника Дуганова и основные силы ЯНА в составе 150 человек располагались в селении Уйка. На своём вооружении они имели трёхлинейные винтовки и несколько пулемётов. Дорогу на Нелькан прикрывал отряд подполковника Овечкина, а поблизости действовал партизанский отряд поручика А.А. Рязанского численностью в полсотни бойцов. На территории центральной Якутии и Охотском направлениях оперируют группировка повстанцев силой в 200-250 бойцов каждая. Относительно самого Охотска и его уезда была информация, что его гарнизон находится в некоторой оппозиции к своему начальнику Бочкарёву и поддерживает земские власти.

Для координации действий с ЯНА алданские партизаны сформировали Временный военный совет (ВВС) и передислоцировались под Абагу в местность Арылах. Его возглавил лично М.К. Артемьев, членами стали Е. Сысолятин и И. И. Неустроев, а секретарём Н. Алексеев. ВВС подтянул дисциплину, приняли меры к обеспечению партизан продовольствием и зимней одеждой. С присоединением отставших повстанцев у партизан выявился недостаток в оружии и боеприпасах. Получив известие об этом недостатке, В. Коробейников немедленно направил на Алдан В.Г. Никифорова, К.П. Прокопьева и С. Дьячковского с десятком старых партизан и 50 запасными винчестерами. Уже к 20 сентября партизаны представляли собой довольно внушительную силу и насчитывали 160 бойцов при автомате Шоша и пулемёте Кольта.

На следующий день на берегу в Аянке состоялось совещание «представителей общественности», собравшихся для обсуждения вопроса о том, соответствуют ли цели Сибирской Дружины чаяниям якутского народа. Во время заседания Коробейников от имени ВЯОНУ картинно сложил властные полномочия, как военные, так и гражданские, и передал их Куликовскому и Пепеляеву. В качестве жалования он получил из кассы дружины 500 рублей золотом. Вслед за этим участники собрания приняли постановление, передав гражданскую власть П.А. Куликовскому, его помощником назначили Д.Т. Борисова и образовали Совет общественных деятелей (СОД). Легитимность данного совещания и самого СОД вызывает большие сомнения, поскольку за исключением Коробейникова ВЯОНУ представлял только Попов, не имевший соответствующих полномочий. Это отлично понимали члены Совета обороны и вошедший с ним в сговор штаб Коробейникова, и для этого изолировали генерала от всех тех, кто мог дать ему более объективную информацию, чем окружение Куликовского и местные торговцы пушниной.

Предубеждение и непростительная доверчивость сыграло дурную шутку с Пепеляевым. Вероятно, выслушав все мнения, генерал прекратил бы экспедицию или выработал другой план боевых действий. 9 сентября в Аян прибыли штаб и все подразделения ЯНА.