Гарнизон Никольского составляла 2 рота поручика Г.Л. Семёнова, который позже при допросе показал, что в его распоряжении имелось 120 бойцов, а пулемёт был неисправен. Он заранее эвакуировал жителей села и провёл ряд оборонительных мероприятий. Взводы 2 роты занимали окопы на южной, западной и северной околице, перекрывая открытые подходы к селу. Советское командование выделило для атаки колонну в составе 150 штыков и 5 пулемётов из состава 226 полка, эскадрон кавалерии в 120 сабель при 4 пулемётах и артиллерийский взвод. Со стороны реки атаку поддерживал «Республиканец», который должен был высадить десант в 100 штыков при 2 пулемётах.

На первом этапе операции советские войска атаковали Графский Берег. Уступая красным в численности и вооружении, повстанцы не приняли боя и при первых же выстрелах отступили. В оперативной сводке штаба войск Якутской губернии сообщается, что «…отряд Скваркова выступил из Якутска в 4 часа 21 июня на пароходе «Республиканец». Совместно с отрядом Ракитянского заняли Графский Берег (повстанцев было до 150 человек). Отряд повстанцев разбежался, потери неизвестны. Потери красных – 1 – лошадь убита…»

Чтобы не потерять инициативу, командир колонны В. Ракитянский приказал обеим стрелкам наступать на Никольское с востока и юга, а эскадрон послал в обход. Кавалеристы совершили его незаметно для противника и укрылись в роще, расположенной в 2 верстах севернее села. Развернувшись в боевой порядок, стрелки 226 полка при поддержке пулемётов повели наступление с востока и юга. Подразделения 1-го батальона попали на сильно пересечённую местность и задержались, вследствие чего время общей атаки было отложено.

Артиллерийские орудия красных развернулись в 1-1.5 км к югу от деревни в местности Боруогай сайылыга и открыли огонь. После нескольких пристрелочных выстрелов снаряды начали попадать в окопы, и защитники начали их покидать. Заметив это, красноармейцы 2-го батальона самостоятельно бросились в атаку и заняли южную околицу. Защищавшие её повстанцы, отстреливаясь, отступили в деревню, а затем, бросая раненых и убитых, стали отступать в сторону Намцев. Когда они приблизились к роще, им навстречу выскочил эскадрон. Его бойцы, разгорячённые боем, пленных практически не брали. Не ожидавшие нападения с этой стороны, беглецы повернули к протоке. Они под огнём красноармейцев стали переправляться через неё на лодках и вплавь под огнём красноармейцев.

Никольский бой является наиболее спорным эпизодом в истории якутского восстания. Советская историография и мемуаристка минимизируют потери советских войск и сильно преувеличивают количество убитых повстанцев. . Строд утверждает, что белые потеряли 400 человек убитыми и ранеными и столько же пленными, К.К. Байкалов не указывает точного числа убитых повстанцев, но сообщает, что множество их утонули в протоке, Д.Н. Сивцев пишет о 130 убитых, не считая утонувших. В советской художественной литературе, очерках и статьях журналистов потери повстанцев достигают тысячи человек. В оперативной сводке штаба войск Якутской губернии сообщается, что отряд Ракитянского 21 июня вступил в бой у с. Никольское с повстанцами, которых было 150 человек при 1 пулемете «Кольт». Бой продлился 3 часа. Потери повстанцев составили 60 человек убитыми, 3 ранеными, 7 были взяты в плен, а количество утонувших неизвестно. Трофеи советских войск составили 1 пулемет «Кольт» с 10,5 дисками, около 60 лошадей, много винтовок и бердан. Потери красных: убитых – 6, ранено 5 человек». Командир роты Л. Семёнов был в бою ранен

и вместе с женой, служившей в его роте фельдшером, долго скрывался в тайге. По его мнению, в протоке утонуло около двух десятков повстанцев.

В тот же день красный авангард без боя занял селение Конта-Крест, тем самым ликвидировав последнюю угрозу Якутску. Основные силы северной группировки окончательно сняли блокаду Якутска. В районе Намцев они беспрепятственно переправились на правый берег Лены и сосредоточились в Борогонцах. В конце июня агентура ГПУ доставила сведения, что ВЯОНУ вернулось из Борогонцев в Чурпачу, чтобы в дальнейшем перебраться за Алдан. Мобилизую или нанимая оленей, члены и сотрудники гражданского управления партиями в 10-15 человек переправлялись за Алдан, увозя с собой ценности и документы. В начале июля поступили сведения, что всё гражданское управление с остатками северного отряда во главе с П.И. Оросиным находятся в Оймяконе. Поспешное бегство гражданских властей вызвала рост напряженности между ВЯОНУ и штабом ЯНА, доходившей до взаимных претензий и угроз.

Известие, что из сотни бойцов уцелели единицы, а ВЯОНУ перебралось за Алдан, помноженные на «кэпсе», оказали деморализующее влияние на повстанцев. Данное явление совершенно естественно для иррегулярных формирований при неудачах. Вследствие этого многие повстанцы стали избегать лобовых столкновений с красными и при угрозе покидать свои позиции. В южной группе снижение дисциплины усугубилось отдачей под суд штабс-капитана М.В. Николаева. Поражение лучшего повстанческого отряда оказало гнетущее впечатление на ВЯОНУ и штаб Коробейникова. Они не ожидали столь быстрого падения боевого духа ЯНА. По данным ГПУ в её составе оставалась небоеспособная южная группировка численностью до 400 человек, уцелевшая часть северной группировки в 250 бойцов, три десятка дугановцев и от двухсот до трёхсот партизан охотской и майской тайги, а территория контроля охватывает 75000 квадратных вёрст.

Никольский бой сильно испугал ту часть национальной интеллигенции, которая уже приняла сторону советской власти. Получая сильно преувеличенные слухи о бое, они были склонны расценивать его результаты, как рецидив «печального прошлого». Их поддержала часть якутской партийной организации, обвинивших красное командование в «чрезвычайной жестокости». Для «сглаживания негативного эффекта» советские власти в последующий месяц освободили около шестидесяти пленных повстанцев, включая А.И. Софронова (Алампу), после агитационной обработки. Они были снабжены листовками и воззваниями на якутском языке. Впоследствии ГПУ были получены сведения о том, что отпущенные пленники «как большевистские агитаторы» были задержаны повстанческими главарями и четыре из них расстреляны. Двое из них были арестованы командованием Левобережной группы и препровождены в Чурапчу, где были казнены за агитацию. Однако, большая часть продолжала успешно агитировать за советскую власть. Неподчинение приказам командиров и привело к ряду конфликтов в рядах повстанцев. Так, 17 июня в Левобережной авангардной группе брожение переросло в конфликт, в ходе которого был убит Н.Ф. Дмитриев. Вследствие участившихся случаев дезертирства и неповиновения бойцов ЯНА своим командирам, штаб В. Коробейникова применил ряд дисциплинарных мер, вплоть