Также в составе КГБ Азербайджанской ССР был создан спецназ – группа «А». Укомплектован он был молодыми, крепкими офицерами, с хорошей спортивной подготовкой. Первоначальную подготовку бойцы группы «А» проходили на базе спецназа КГБ СССР в г. Балашихе Московской области. Группу «А» КГБ Азербайджанской ССР возглавил Риад Ахмедов.
ОМОН МВД Азербайджанской ССР и группа «А» КГБ Азербайджанской ССР фактически стали первыми боевыми подразделениями Азербайджана. Огромная личная заслуга в этом принадлежит председателю КГБ Азербайджанской ССР, генерал-майору Вагифу Гусейнову, и министру внутренних дел – генерал-майору Магомеду Асадову.
В 1990–1991 гг. численность Агдамского РОВД была увеличена на 200 человек, в мае-августе 1990 г. штат МВД Нахичеванской АССР был увеличен в два раза, численность Шушинского РОВД была увеличена на 95 единиц, в азербайджанские сёла НКАО направлено 80 сотрудников милиции из других регионов. По согласованию с МО СССР 25 процентов призывников призыва осени 1990 года были оставлены для прохождения службы в воинских частях на территории Азербайджанской ССР. Было принято решение не направлять призывников из Азербайджанской ССР для прохождения службы на Дальний Восток, в Забайкалье, Сибирь, Тихий океан и на Северный флот. Всего в 1990 году 9698 призывников были направлены для прохождения службы в воинские части на территории Азербайджана. По решению Совета министров Азербайджана, начиная с весеннего призыва 1991 года, 50 процентов призывников должны были оставаться на территории Азербайджана. Но МО СССР не согласилось с этим решением под предлогом, что увеличение численности азербайджанцев, проходящих военную службу на территории Азербайджана, может привести к увеличению конфликтов на межнациональной почве.
В начале 1990 года в Азербайджанской и Армянской ССР сменилось руководство. После событий в январе 1990 г. первым секретарём ЦК КП Азербайджана был избран Аяз Муталибов. В мае 1990 года он был также избран президентом Азербайджанской ССР. В сентябре в Азербайджанской ССР прошли парламентские выборы, на которых почти 85 % мест в Верховном Совете получили представители компартии.
В 1990 году в Армянской ССР к власти пришли представители национального движения. Уже в начале года четверо представителей Армянского общенационального движения (АОД) были включены в состав президиума Верховного Совета республики. 20 мая 1990 г. состоялись выборы, на которых АОД одержало победу. Левон Тер-Петросян занял пост председателя Верховного Совета Армянской ССР, его соратник, Вазген Манукян, возглавил правительство.
После прихода к власти руководство АОД приняло решение прекратить деятельность в республике неподконтрольных ему вооружённых группировок. Эти группировки, сформированные под лозунгом «поддержки армян Карабаха», для пополнения запасов оружия многократно нападали на дислоцированные в Армении воинские части Советской армии, разворовывали оружие и боеприпасы. В августе произошли столкновения между представителями АОД и крупнейшей вооружённой группировки – Армянской национальной армии. 29 августа члены правящей партии пришли к штаб-квартире АНА для переговоров, но попали под обстрел. В результате двое (в том числе депутат Верховного Совета Армянской ССР) были убиты. После того как погибли ещё несколько аодовцев, их соратники (АОД имело собственное боевое крыло, которое после прихода партии к власти постепенно интегрировалось в легальные силовые структуры) захватили несколько заложников из числа активистов АНА.
В ночь на 30 августа между руководством АНА и АОД состоялись переговоры. На следующий день командующий АНА Размик Василян и его заместитель выступили по ТВ с обращением к своим соратникам. Они заявили, что подразделения АНА распускаются, а имеющееся оружие будет сдано властям. Желающим была предоставлена возможность перейти в состав воинских подразделений, подчинённых новому руководству Армянской ССР.
Придя к власти и укрепив свои позиции, руководство Армении во главе с Левоном Тер-Петросяном начало проводить активный курс на выход Армянской ССР из состава СССР. 23 августа 1990 г. Верховный Совет Армянской ССР принял Декларацию о независимости Армении. Было объявлено, что Республика Армения – суверенное государство, наделённое независимостью. На территории республики прекращалось действие Конституции СССР и законов СССР, был инициирован процесс выхода из состава Советского Союза. Армения также заявила о правах на свою долю вооружений СССР. Примечательно, что в Декларации о независимости Армении содержалась ссылка на решение Верховного Совета Армянской ССР от 1 декабря 1989 г. о «воссоединении» Армянской ССР и Нагорного Карабаха. Таким образом, в Декларации вновь легитимизировалось вхождение НКАО в состав Армянской ССР и провозглашался выход этой территории Азербайджана из состава СССР уже как части Армянской ССР.
1 марта 1991 г. власти Армении отказались от участия в референдуме о сохранении и обновлении СССР и приняли решение о проведении 21 сентября 1991 г. референдума о независимости. Во всесоюзном референдуме 17 марта 1991 г. Армения не участвовала. В апреле 1991 г. руководство Армении отказалось и от участия в Новоогарёвском процессе по разработке нового союзного договора. Эти действия резко обострили отношения между правящей элитой Армении и Кремлём. В то же время руководство Азербайджана не ставило вопрос о выходе из состава СССР, республика приняла участие во всесоюзном референдуме, а Аяз Муталибов оставался среди участников Новоогарёвского процесса.
В Азербайджане воспользовались складывающимися обстоятельствами для решения важных вопросов обеспечения безопасности республики. Умело используя осложнение отношений между Ереваном и Москвой и проводя активную работу с силовым крылом в руководстве СССР, руководство Азербайджана добилось согласия Москвы на проведение на территории НКАО и прилегающих районов более активных и масштабных специальных операций по разоружению незаконных вооружённых формирований. Это стало результатом активной и эффективной лоббистской работы второго секретаря ЦК КП Азербайджана Виктора Поляничко, председателя КГБ Азербайджана, генерал-майора Вагифа Гусейнова, и президента Азербайджана Аяза Муталибова. Активная поддержка в этом вопросе была оказана министром внутренних дел СССР – генерал-полковником Борисом Карловичем Пуго, командующим ВВ МВД СССР, генерал-полковником Юрием Васильевичем Шаталиным, и главнокомандующим войсками Южного направления – генералом армии Николаем Ивановичем Поповым.
Вот как описывает события, предшествовавшие операции, президент А. Муталибов: «17 марта 1991 года референдум прошёл. В Азербайджане народ высказался в пользу сохранения СССР. Это дало республике политический козырь в борьбе за нормализацию обстановки в НКАО. Сразу же после референдума мы вновь поднимаем перед руководством страны вопрос об ужесточении режима чрезвычайного положения в Нагорном Карабахе, имея в виду, в первую очередь, разоружение боевых формирований на территории автономии и в прилегающем Шаумяновском районе. Моя задача сводилась к тому, чтобы убедить президента страны и его ближайшее окружение в недопустимости дальнейших проволочек в этом вопросе. В марте-апреле 1991 года состоялась серия моих встреч, как говорится, на высшем уровне, на которых я решительно требовал исполнения указа президента страны о разоружении незаконных вооружённых
