В сентябре был создан Военный совет МО. Одной из главных обязанностей Военного совета было коллегиальное обсуждение военных операций на фронте151.

Проблемы с комплектованием были и в ВВС. Осенью 1992 года в ВВС Азербайджана было 18 воинских частей. Это были как боевые части, так и подразделения по ремонту авиатехники и наземному обслуживанию. Но укомплектованность боевой техникой составляла 30 %, а укомплектованность личным составом не превышала 50 %152.

На конец августа 1992 г. вооружённые силы были укомплектованы личным составом по списку на 75 %, по фактическому наличию на 65 %153. Бои осенью-зимой 1992 г. привели к тому, что уровень комплектования подразделений ещё более снизился. Так, согласно проверке, проведённой Оперативным управлением ГШ в середине ноября 1992 г., уровень комплектования Вооружённых сил Азербайджанской Республики составлял лишь 30 % от штатной численности154.

В сентябре был снят со своей должности командир 708-й ОТБР – полковник Эльхан Оруджев. Командиром 708-й ОТБР был назначен полковник-лейтенант Талыб Мамедов. После неудачного наступления на Лачин в октябре 1992 г. командиром 706-й МСБР был назначен полковник-лейтенант Расим Мухтаров. В ноябре 1992 г. полковнику Задиру Рзаеву было присвоено звание генерал-майора, и он был назначен заместителем командира 2-го АК. Командиром 701-й МСБР был назначен полковник Азизага Гани-заде. На базе 820-го МСП (Ленкоранский полк) была вновь создана 704-я МСБР, командиром был назначен полковник-лейтенант Микаил Гаджиев. Зоной ответственности 704-й МСБР было выделено направление Агджабеди – Мартуни. Командиром 702-й МСБР вместо полковник-лейтенанта Эмиля Касимова был назначен полковник Мурад Гамидов.

Таким образом, к началу 1993 г. организационная структура азербайджанских войск в Карабахской зоне выглядела следующим образом:

• 701-я МСБР (север Лачинского района), командир – полковник Азизага Гани-заде;

• 703-я МСБР (Агдеринский район), командир – полковник Наджмеддин Садыхов;

• 708-я ОТБР (Агдамский район), командир – полковник Талыб Мамедов;

• 704-я МСБР (Мартунинский район), командир – полковник-лейтенант Микаил Гаджиев;

• 702-я МСБР (Физулинский район), командир – полковник-лейтенант Мурад Гамидов;

• 896-й МСП (Джебраильский район), командир – полковник-лейтенант Гейдар Пириев;

• 706-я МСБР (Губадлинский район), командир – полковник-лейтенант Расим Мухтаров;

• 865-й МСП (Зангеланский район), командир – полковник Фирудин Шабанов.

Командиры бригад/полков одновременно были командирами направлений, и в их оперативном подчинении находились все силы и средства, которые имелись на вверенном направлении.

Острая нехватки личного состава, увеличение потребностей в военно-техническом обеспечении, то, что некоторые высокопоставленные работники МО занимались политической деятельностью, в целом создавало кризисную ситуацию в деле строительства вооружённых сил. Проверка, проведённая комиссией МО в начале 1993 года, показала, что многие командиры относятся безответственно к формированию воинских частей, не ведётся учёт личного состава в частях и подразделениях, не ведётся учёт потерь во время боевых действий и о таких потерях не сообщается в МО, на самотёк пущен учёт военной техники и вооружения, многие командиры не знают ситуацию с наличием и исправностью военной техники. На местах имелось в наличии большое количество неисправной военной техники, никаких мер по её ремонту не принималось155.

Кризисная ситуация в ВС ещё более усугубилась после заявления НФА от 9 февраля 1993 г.156 Данное заявление, в котором командир 2-го АК Сурет Гусейнов обвинялся в умышленном отводе подразделений с линии фронта, привело к кризису в общественно-политической жизни республики. 20 февраля 1993 г. Рагим Газиев был освобождён от должности министра обороны. 21 февраля министром обороны был назначен Дадаш Рзаев. 22 февраля Сурет Гусейнов был освобождён от должности командира корпуса.

Сама Карабахская зона была поделена на две части: 1-й АК (север Лачина, Кельбаджар, Агдере, Тертер), командиром был назначен Наджмеддин Садыхов с присвоением звания генерал-майора; 2-й АК (Агдам, Агджабеди/Мартуни, Физули, Джебраил, Губадлы, Зангелан), командиром был назначен генерал-майор Рафик Агаев.

Вместо Наджмеддина Садыхова командиром 703-й МСБР был назначен полковник Алтай Мехтиев. После захвата армянскими войсками Кельбаджара командиром 701-й МСБР был назначен полковник-лейтенант Ильгар Алиев. В апреле 1993 г. командиром 702-й МСБР был назначен полковник-лейтенант Гейдар Пириев. Командиром 896-го МСП был назначен полковник-лейтенант Махир Гасанов.

Генерал-майор Дадаш Рзаев после назначения министром обороны предпринял ряд мер по прекращению разрушительных процессов в армии. Были проведены оргштатные и кадровые изменения в центральном аппарате МО, заменены командиры 1-го и 2-го армейских корпусов, утверждено положение о войсковых полигонах157, создана рабочая группа по военному строительству158. Но в тех внутриполитических условиях что-то радикально изменить не представлялось возможным.

Указом президента от 6 марта штат центрального аппарата МО был сокращён на 30 %159. В этот же день президентом также был подписан приказ о мерах по укреплению дисциплины и борьбе с дезертирством. В соответствии с данным указом, все военнослужащие отзывались из отпусков и увольнительных. Для проверки положения дел с дисциплиной в вооружённых силах создавалась специальная комиссия. Эта комиссия должна была в период с 5 по 12 апреля проверить состояние дисциплины в подразделениях. Ставились определённые задачи перед военным комиссаром республики. Требовалось, чтобы на всех дорогах, ведущих из зоны боевых действий, на вокзалах и в морских портах были выставлены посты военной полиции с целью пресечения фактов самовольного оставления места службы. Запрещался выезд за пределы республики лиц, не прошедших военную службу.

В директиве МО и ГШ от 27 апреля 1993 г. указывалось, что в частях и соединениях, ведущих боевые действия, есть серьёзные нарушения. Вышестоящие начальники и командиры проявляют преступную халатность, очень низкий уровень требовательности, неисполнительность командиров низовых звеньев привели к созданию тяжёлой обстановки на фронте. Одной из причин такого состояния дел было указано то, что командиры частей и соединений не выполняют ранее данные приказы и распоряжения об укреплении обороны и создании резервов160.

В начале июня 1993 г. комиссия МО, проверив 2-й АК, пришла к выводу, что соединение не способно выполнять боевые задачи. В заключении комиссии указывалось, что боевая подготовка не ведётся, снабжение на низком уровне, техническое состояние средств связи не позволяет эффективно управлять войсками, не ведётся подготовка специалистов по связи, части, находящиеся в распоряжении штаба, очень слабые, офицеры на занимаются воспитательной работой с личным составом. Они даже не знают свои должностные обязанности, и нет особого желания изучить их161.

5 июня 1993 г. вместо генерал-майора Нуреддина Садыхова начальником Генштаба был назначен полковник Сафар Абиев.

8 июня 1993 г. министр обороны подписал приказ о создании 3-го АК со штабом в г. Горадизе162. Но в связи с внутриполитическими причинами и событиями на фронте сформировать 3-й АК не