Не добившись успеха в районе Агдама, армянское командование перенесло усилия на Агдеринское операционное направление. Основные бои во второй половине июня 1993 г. происходили на севере Агдамского района и на Агдеринском направлении.

Не сумев в ходе первых же атак захватить Агдере и Агдам, а также фронтальными атаками расчленить оборону азербайджанских войск, армянские войска изменили тактику и решили провести операцию охвата Агдере двумя фланговыми ударам в обход с севера Агдере в направлении Акоп – Камари и в обход с юга Агдере в направлении Паправенд – Бойахмедли. 20 июня 1993 г. армянские войска перешли в новое наступление на Агдеринском направлении, одновременно были нанесены отвлекающие удары на центральном участке Агдамского направления с целью сковать силы азербайджанских войск на центральном и южном участках Агдамского района. Главный удар был нанесён на стыке Агдамского и Агдеринского районов в районе сёл Паправенд и Байахмедли. Основные бои развернулись на севере Агдамского района, где армянские войска предприняли несколько сильных наступлений. Взяв важные высоты и прорвав фронт около с. Галайчылар, они продолжили наступление и уже к 25 июня 1993 г. захватили сёла Кюрдлар, Моллалар, Паправенд, Бойахмедли, Карапиримли, Софулу и таким образом перерезали дорогу Агдам – Агдере. Взяв эти сёла, противник смог выйти к г. Агдере с незащищённого южного направления и обойти город с юга. Одновременно армянскими войсками был нанесён сильный удар в направлении села Акоп-Камари, в обход Агдере с севера. 24 июня 1993 г. армянским войскам удалось захватить село Акоп-Камари и продвинуться в направлении села Джераберт. Тем самым была создана угроза глубокого охвата Агдере с севера и с юга. Азербайджанское командование приняло решение оставить Агдере и занять оборону по Правобережному Тертерскому каналу. 26 июня 1993 г. армянскими войсками был захвачен г. Агдере. 26 июня в ходе боёв за н/п Магавуз Агдеринского района азербайджанскими подразделениями был убит Каро Кахкеджян, командир армянского батальона «Крестоносцы». После захвата Агдере азербайджанские войска заняли оборону по линии Правобережного Тертерского канала. С конца июня 1993 г. линия фронта в Агдеринском районе стабилизировалась на линии Мадагиз – Левонарх и вдоль Правобережного тертерского канала.

Захватив Агдере и укрепившись на севере Агдамского района, армянское командование вновь перегруппировало свои силы. К началу июля 1993 г. армянское командование сосредоточило на Агдамском направлении большие силы: четыре пехотных полка (до 6000 военнослужащих), два танковых батальона (60 танков), пять артиллерийских дивизионов (120 стволов артсистем), часть 1-го десантно-штурмового полка842.

После захвата Агдере и сёл на севере Агдамского района линия фронта в районе Агдама приняла форму выступа, вклинивающегося в позиции противника. Армянское командование решило отказаться от прямого лобового штурма города и провести глубокий охват агдамского выступа ударными группировками с обеих флангов, нанося удары под основание агдамского выступа с севера и с юга по сходящимся направлениям в целях окружения и уничтожения азербайджанских войск в районе Агдама. Р. Кочарян пишет: «Прямой лобовой штурм города мы не планировали. Наши подразделения стали обходить Агдам с севера и юга, используя рельеф местности. Отсутствие фортификационных сооружений и непрерывной линии обороны сыграло нам на руку: мы смогли вклиниться глубоко в тыл, просто огибая город. Один из отрядов проник намного дальше других по пустому оросительному каналу. Кольцо вокруг города мы не замкнули, на это у нас не хватило бы сил и средств. Но при этом создалось впечатление, что город окружают – в этом и состоял замысел операции, – и люди в спешке стали его покидать. А когда началось наступление на основном направлении, воля обороняющихся была окончательно сломлена»843.

С целью отвлечения внимания азербайджанского командования от Агдамского направления 2 июля 1993 г. армянские войска начали наступление на Физулинском и Джебраильском направлениях. В ходе двух дней боёв им удалось вклиниться в позиции азербайджанских войск, но потом они были отброшены контрударом на исходные позиции.

3 июля 1993 г., задействовав имеющиеся силы, армянские войска начали мощное наступление с целью окружения Агдама. Удар был нанесён с севера Агдамского района в направлении сёл Кызыл Кенгерли, Максудлу и с юга в направлении Муганлы, Сайбалы, Новрузлу. Целью было нанесением ударов по сходящимся направлениям с севера и с юга выйти к с. Гейтепе, перерезать дорогу Агдам – Барда и окружить азербайджанские войска. После очень тяжёлых боёв армянским войскам удалось захватить с севера сёла Кызыл Кенгерли, Салахлы Кенгерли, Максудлу, с юга были захвачены сёла Муганлы, Шыхбабалы, Сайбалы, Багбанлар, Исмаилбейли, Новрузлу, Марзили, Юсифджанлы. 4 июля 1993 г. армянские войска сумели дойти до южных окраин города, одновременно обойдя Агдам с юга и создав угрозу перекрытия дороги Агдам – Барда. При этом они неоднократно входили в пределы городской черты с юга, но были выбиты после уличных боёв. Армянские войска даже поспешили объявить о захвате города, но частям Азербайджанской армии удалось отбить штурм армян. Весь день 4 июля 1993 г. вокруг Агдама шли ожесточённые бои. Вечной славой покрыли себя многие солдаты Азербайджанской армии, которые до последнего вели бои на своих позициях. К сожалению, было и немало дезертиров, которые по своей трусости и малодушию бросали своих товарищей и спасали свою шкуру.

Одновременно с тяжёлыми оборонительными боями за Агдам азербайджанское командование начало переброску к Агдаму частей 709-й ОМСБР (командир – полковник-лейтенант Эльдар Алиев), которая начала сосредоточиваться к северу от города у села Хыдырлы и к югу от города у села Мурадбейли – вдоль железнодорожной насыпи, с целью нанесения контрудара по наступающим группировкам противника. К Агдаму были переброшены три батальона 709-й ОМСБР: 1-й МСБ под командованием Достали Гаджиева, 3-й батальон под командованием Таджира Адыгёзалова, 4-й батальон под командованием Бахадура Зейналова, танковая рота под командованием Алтая Байрамова. По приказу министерства обороны 709-я ОМСБР была направлена в Агдам в оперативное подчинение командованию 708-й ОТБР. Части 709-й ОМСБР сразу по прибытии, минуя занятие района сосредоточения, взяли контроль над селом Хыдырлы и высоту Еддихырман.

5 июля 1993 г. вместе с подошедшими частями 709-й МСБР части 708-й ОТБР и иные приданные силы сумели отбить атаку армянских сил и перешли в контрнаступление. В ходе контрнаступления 5–7 июля 1993 г. азербайджанским войскам удалось освободить сёла Кызыл Кенгерли, Максудлу к северу от города и сёла Муганлы, Шыхбабалы, Сайбалы, Багбанлар, Новрузлу к югу от города. Наступавшие армянские войска, понеся серьёзные потери, были вынуждены отступить на исходные позиции к югу от города. Надо отметить, что отражение атаки