В европейской части нашей страны сбором информации о ВМФ Российской империи в целом, его Черноморском, Балтийском флотах, развитии судостроения и военно-морском искусстве с 1880 г. занимался военно-морской атташат при японской дипломатической миссии в Санкт-Петербурге. Как уже отмечалось, на должность атташе назначались, как правило, молодые офицеры с опытом разведывательной деятельности и знанием русского или одного из европейских языков. Практика отправки ВМАТ в Россию возобновилась после трёхлетнего перерыва весной 1886 г., когда в Кронштадт прибыл лейтенант Ядзима Исао (1888–1891), до этого работавший в Корее[70]. В последующие годы разведаппарат возглавляли владивостокские резиденты капитан-лейтенанты Сакамото Хатирота (1891–1893), Номото Цунаакира (1893–1895, 1898–1901), капитан 2-го ранга Ясиро Рокуро (1895–1898) и не имевший разведывательного опыта капитан 1-го ранга Сакаи Тадатоси (1901–1904)[71].

Хотя о наличии у них агентурных источников информации ничего не известно, атташе могли по согласованию с царским правительством совершать ознакомительные поездки по военно-морским базам и важнейшим русским портам[72]. Правда, в ноябре 1899 г. Номото пожаловался Ямамото Гомбээ, что если раньше царское правительство позволяло осматривать базы, порты и заводы, то теперь разрешение аннулировано в ответ на отказ допускать русского военно-морского агента на объекты японского флота. В беседе с русским посланником в Токио Р.Р. Розеном Ямамото выяснил, что Санкт-Петербург расценил данный отказ как признак проводимых Японией мероприятий по подготовке флота к нападению на Россию. Японский министр возразил, что запрет на посещения касался только учений императорского флота и это была общепринятая практика в отношении всех без исключения иностранных атташе. После таких разъяснений Санкт-Петербург возобновил взаимные посещения военно-морских объектов и 14 декабря 1899 г. начальник Главного морского штаба вице-адмирал Ф.К. Авелан и 9 русских офицеров были награждены японскими орденами за то, что «не только брали на себя труд оказывать всяческое содействие нашему военно-морскому атташе капитану 2-го ранга Номото Цунаакира, что приносило огромную пользу, но и занимались организацией посещений прибывшими в Россию нашими офицерами флота оружейных, судостроительных, прочих заводов и военно-морских баз в случае поступления просьбы об этом с их стороны, участливо сопровождая их в ходе осмотров»[73].

Разведывательные органы МГШ задействовали в полном объёме возможности по сбору данных о русском флоте накануне войны с Китаем в 1894 г., что обусловливалось, во-первых, усилением Сибирской флотилии в 1892–1894 гг. миноносцами «Сунгари» и «Уссури», а во-вторых, стремлением иметь достоверные сведения о намерениях и действиях Тихоокеанской эскадры для их учёта при составлении Ставкой оперативных планов кампании[74]. Во Владивосток в июне 1894 г. с паспортами на вымышленные имена выехали сотрудник 2-го бюро капитан-лейтенант Нисияма Санэтика и редактор этого же бюро Аихара Ситиро, в совершенстве владевший русским языком[75].

Уже в первом донесении от 25 июня 1894 г. Нисияма проинформировал МГШ об отсутствии признаков подготовки войск Приамурского военного округа и боевых кораблей Тихоокеанской эскадры к переброске на Корейский полуостров. Вероятно, для Токио вопрос о возможности военного вмешательства России в корейские события представлял значительный интерес, поскольку и во втором донесении от 11 июля Нисияма доложил, что «прилагает все усилия для сбора информации о ситуации с отправкой войск из Владивостока», и сообщил о передислокации в район государственной границы 2 стрелковых батальонов и 1 артиллерийской батареи из Новокиевского (Краскино), а также о составе находившегося на стоянке во Владивостоке отряда боевых кораблей, который, как отмечал резидент, пока не планировалось отправлять к побережью Кореи[76].

В последующих донесениях за сентябрь 1894 г.– апрель 1895 г. Нисияма информировал МГШ о составе, мероприятиях учебно-боевой подготовки, выходах в море Тихоокеанской эскадры, перебросках в Приамурский край пополнения из европейской части России, дислокации и вооружении частей сухопутных войск в Южно-Уссурийском крае[77].

Несмотря на успешное завершение войны 17 апреля 1895 г., РУ МГШ не стало ликвидировать свою резидентуру во Владивостоке, поскольку через неделю после подписания Токио и Пекином Симоносэкского мирного договора Россия, Германия и Франция потребовали от Японии отказаться от аннексии Ляодунского (Квантунского) полуострова, а для демонстрации серьёзности намерений Санкт-Петербург объявил мобилизацию войск Приамурского военного округа. 2 мая владивостокская резидентура докладывала по этому поводу в МГШ: «Введение во Владивостоке осадного положения и подготовка к отправке войск Приамурского округа проводятся по приказу от 30 апреля. 2 мая начался призыв резервистов первой и второй очереди. Есть признаки того, что несколько дней назад начался поиск шпионов среди японцев, задержанных тщательно допрашивают. На якоре во Владивостоке стоят канонерская лодка „Бобр“, 4 миноносца, 3 парохода Добровольного флота, 4 малых транспортных судна»[78]. 4 мая кабинет министров Ито Хиробуми под давлением трёх стран принял решение о возвращении Ляодунского полуострова Китаю.

В связи с сохранявшейся военной угрозой Нисияма и Аиха ра находились во Владивостоке до августа 1896 г., регулярно докладывая о мобилизационных мероприятиях командования Приамурского военного округа, перевозках по морю пополнения для него из европейской части России, численности и дислокации линейных, стрелковых батальонов, казачьих сотен и артиллерийских частей во Владивостоке, Никольск-Уссурийском (Уссурийске), Раздольном, Анучино, Барабаше, Атамановском, Новокиевском, Посьете, Камень-Рыболове, Хабаровске, Николаевске-на-Амуре, Благовещенске, корабельном составе, учебно-боевой подготовке и выходах в море Тихоокеанской эскадры. 28 декабря 1895 г. Аихара представил в МГШ итоговый отчёт с подробным описанием корабельного состава Сибирской флотилии, её судоремонтных возможностей, береговой обороны Владивостока, состояния его сухопутного гарнизона, хода строительства Уссурийской железной дороги, деятельности Добровольного флота, социально-экономической обстановки в Южно-Уссурийском крае и отношения местного населения к японским гражданам[79]. При этом, несмотря на рост напряжённости в российско-японских отношениях после «тройственной интервенции», русская Тихоокеанская эскадра даже в 1895–1897 гг. продолжала зимовать в Нагасаки и Кобэ из-за отсутствия судоремонтных мощностей во Владивостоке и железнодорожного сообщения с европейской частью России.

В марте 1896 г. на смену Нисияма и Аихара прибыл резидент МГШ капитан-лейтенант Ики Содзиро с документами прикрытия на имя стажёра русского языка пароходства «Нихон юсэн кайся» «Адзума (Хигаси) Кэндзи». В июне – сентябре 1896 г. он временно находился на лечении в Японии, после чего до ноября вновь работал с нелегальных позиций во Владивостоке, однако в связи с резким ухудшением здоровья был вынужден вернуться в метрополию, и деятельность флотской резидентуры в Приморье до 1903 г. прекратилась[80].

Реакцией военно-морских кругов Японии на рост напряжённости во взаимоотношениях с Россией после японо-китайской войны стало принятие