Структура центрального аппарата Россельхознадзоравключает в себя руководство Россельхознадзора (Руководитель Россельхознадзора, его заместители) и Управления Россельхознадзора. В составе управлений Россельхознадзора создаются отделы.

Структура и штатное расписание центрального аппарата Россельхознадзора утверждаются Руководителем Россельхознадзора (в пределах установленных Правительством фонда оплаты труда и численности работников). В штатное расписание Россельхознадзора включаются должности, предусмотренные перечнем должностей федеральной государственной гражданской службы.

Управления Россельхознадзора обеспечивают деятельность Россельхознадзора и осуществляют свои функции в соответствии с настоящим Регламентом, положениями о них, утверждаемыми Руководителем Россельхознадзора, а также поручениями Руководителя Россельхознадзора и его заместителей.

Планирование и организацию работы Россельхознадзора и его территориальных органов осуществляет Руководитель Россельхознадзора. Россельхознадзор организует свою работу и работу территориальных органов в соответствии с планами и показателями деятельности, утверждаемыми Министром. Планы и показатели деятельности Россельхознадзора и его территориальных органов представляет в Правительство Министр.

Управление делами Россельхознадзора проверяет соответствие проектов приказов нормам законодательства РФ.