Ночью, 1 августа, в Преображенском разнесся слух, что в Кремле готовится нападение на Преображенское, с целью уничтоженим царицы и Петра. Петр полуодетый в тревоге бросился в Троицкую лавру, куда переехало и его окружение. Из Троицкой был сделан запрос, чего ради в Кремле собраны ночью стрельцы, а Петр стал вызывать из Москвы нужных людей. На сторону Петра переехал патриарх, и Софья была оставлена одна. Она послала послов в Троицу, убеждая Петра возвратиться, но он отказался. Она решила ехать туда сама, но в пути была остановлена. Через несколько дней потребовали выдачи Петру стрелецкого головы Шакловитого и царевна разрешила стрельцам ехать в Троицу.

Все потянулись туда, откуда 7 сентября был издан указ, лишавший Софью титула правительницы. Она была помещена на жительство в Новодевичий монастырь. В 1688 году в Москве был собран Земский собор для разбора и суда царевны Софьи, после чего она была пострижена и стала инокиней Сусанной, все время находившись под строгим надзором.

Через пять лет, в 1704 году, 3 июля, царевна Софья 46 лет 9 месяцев и 16 дней от роду, скончалась.

Начиналось время Петра.