Спустя 40 минут после первого подземного толчка произошел второй. Именно он в течение всего лишь двух минут унес жизни около 50 000 человек и сравнял с землей более 18 зданий. После столь мощного толчка почва мгновенно разверзлась, и в самом центре города образовалась огромная трещина, ширина которой достигала не менее 4,5 метров.
Поскольку в день катастрофы в Лиссабоне был праздник, тысячи людей по всему городу оказались придавленными разрушившимися стенами соборов. Более того, после второго сильнейшего толчка базилика де Санта Сорин рухнула и обломки стен, падая, раздавили не только тех, кто был в это время внутри собора, но и людей, находившихся на улице и мечущихся в поисках укрытия.
Тысячи других жителей Лиссабона, пытаясь спастись от землетрясения, бегали по набережной реки Тежу. После нескольких подземных толчков (а их было зарегистрировано всего 500) вода отхлынула от побережья. Жители города подумали о том, что, вероятнее всего, вода ушла навсегда. Они совсем позабыли о том, что внезапный отлив, наступивший во время или после землетрясения, может означать только одно: спустя некоторое время придут огромные волны-цунами.
Так случилось и на этот раз. Казалось, вода ушла только для того, чтобы накопить энергию, и затем, вернувшись обратно, потопить весь город. С невероятной силой цунами, высота которых достигала 15- 20 метров, налетели на набережную Тежу и унесли с собой в залив всех тех, кто искал там спасения. Последовавшие вслед за первой другие волны поглотили все суда, в этот момент находившиеся на реке.
В довершение случившегося по всему городу начались пожары. Вероятнее всего, их причиной стали зажженные в соборах в честь дня Всех Святых свечи. В течение трех суток полыхал страшный пожар, уничтожая на своем пути людей, животных, растительность и все то, что еще оставалось от построек.
Помимо огромного числа человеческих жертв и разрушений, результатом землетрясения стала утрата лис-сабонцами ценнейших памятников культуры и архитектуры, которые являлись символами истории, прошлого, памяти.
Так, навсегда были потеряно множество древних книг и художественных полотен, до той поры хранившихся в библиотеках города. Пожар уничтожил два древних монастыря, недавно построенный оперный театр, королевский дворец Маркус де Леврикаль, где находились картины знаменитых художников Рубенса, Корреджо, Тициана и 18 тысяч томов бесценных книг.
В огне бесследно исчезли манускрипт, написанный королем Карлом V и посвященный истории Португалии, многочисленные средневековые карты мира, которые были составлены моряками, а также первые португальские печатные книги. Погибли в пожаре и рукописные книги, создававшиеся в эпоху Просвещения и с той поры находившиеся в Доминиканском монастыре, также рухнувшем во время подземных толчков.
