Пекарскому разрешают поселиться в Якутске, от Академии наук он получает небольшую ежегодную стипендию в 400 рублей. Эдуард служит в канцелярии окружного суда, заведует библиотекой читальней, входит в совет сельскохозяйственного общества. В 1902 году после съезда якутской интеллигенции именно Пекарский готовит к печати его материалы.

Только в 1905 году по ходатайству Академии наук с Эдуарда Пекарского снимают ограничение в переездах и он оказывается в Петербурге. Здесь бывшего ссыльного устраивают в этнографический отдел Русского музея, затем — в музей антропологии и этнографии при Академии наук. Пекарский продолжает работу над якутским словарем, выходят новые его редакции, а также восемь выпусков трехтомного издания «Образцы народной литературы якутов». Ученый получает Золотую медаль Русского географического общества. Он ратует за создание школ на якутском языке, утверждает, что якутская культура богата и самобытна…

В Беларусь Пекарский вернулся в 1906 году. Повидался с родней, устроил бедствующего брата Осипа на работу в акцизное ведомство. Когдато от опасного родственника открещивались, теперь он мог благодетельствовать. Вновь Пекарский решил поехать в Белоруссию только в 1924 году, захотел навестить имение деда Барбарово. Но эта поездка изза огромной занятости ученого не удалась.

В Якутии белоруса Эдуарда Пекарского помнят и чтут. Както он получил оттуда письмо: «Дорогой Одубар Хаарылабыс! (Так на своем языке звали Пекарского якуты.) Вы прибыли, считаясь преступником, в нашу отдаленную и несчастную страну, что было несчастьем для Вас и счастьем для нас…»

Похоронен «отец якутской литературы», членкорреспондент Академии наук СССР, белорус из Игуменского уезда Эдуард Пекарский на Смоленском кладбище в Санкт-Петербурге.